R. W. Holley |
La
traducción es el paso de la información transportada por el ARN-m a proteína.
La especificidad funcional de los polipéptidos reside en su secuencia lineal de
aminoácidos que determina su estructura primaria, secundaria y terciaria. De
manera, que los aminoácidos libres que hay en el citoplasma tienen que unirse
para formar los polipéptidos y la secuencia lineal de aminoácidos de un
polipéptido depende de la secuencia lineal de ribonucleótidos en el ARN que a su
vez está determinada por la secuencia lineal de bases nitrogenadas en el ADN.
Los
elementos que intervienen en el proceso de traducción son fundamentalmente: los
aminoácidos, los ARN-t (ARN transferentes), los ribosomas, ARN-r (ARN
ribosómico y proteínas ribosomales), el ARN-m (ARN mensajero), enzimas,
factores proteicos y nucleótidos trifosfato (ATP, GTP).
El
primer paso que tiene que producirse es la activación de los aminoácidos y
formación de los complejos de transferencia. Los aminoácidos por sí solos no
son capaces de reconocer los tripletes del ARN-m de manera que necesitan unirse
a un ARN de pequeño tamaño (constante de sedimentación 4S) llamado ARN
adaptador, ARN soluble o ARN transferente.
Crick (1958) postuló la necesidad de la existencia de un adaptador que acoplará
cada aminoácido a su correspondiente codón.
Los
primeros estudios sobre la estructura de los ARN-t se realizaron por R. W.
Holley y col. (1965) trabajando con el ARN-t de alanina de levaduras. A
partir de sus trabajos se estableció el modelo general de estructura de los
ARN-t.
Las
moléculas encargadas de transportar los aminoácidos hasta el ribosoma y de
reconocer los codones del ARN mensajero durante el proceso de traducción son
los ARN transferentes (ARN-t). Los ARN-t tienen una estructura en forma de hoja
de trébol con varios sitios funcionales:
- Extremo
3': lugar de unión al aminoácido (contiene siempre la secuencia ACC).
- Lazo
dihidrouracilo (DHU): lugar de unión a la aminoacil ARN-t sintetasa o
enzimas encargadas de unir un aminoácido a su correspondiente ARN-t.
- Lazo de
T ψ C: lugar de enlace al
ribosoma.
- Lazo
del anticodón: lugar de reconocimiento de los codones del mensajero.
Normalmente
el ARN-t adopta una estructura de hoja de trébol plegada en forma de L o forma
de boomerang.
Los
ARN-t suelen presentar bases nitrogenadas poco frecuentes como son la
pseudouridina (ψ), metilguanosina (mG),
dimetilguanosina (m2G), metilinosina (mI) y dihidrouridina (DHU, UH2).
El
que realiza el reconocimiento del codón correspondiente del ARN-m es el
anticodón del ARN-t y no el aminoácido. Mediante un experimento se demostró que
era posible transformar el cisteinil-ARN-t mediante tratamiento con hidruro de
níquel en alanil-ARN-t. Este tratamiento convierte la cisteína en alanina. De
esta manera se consiguió un ARN-t específico de cisteina que en lugar de llevar
unida cisteina llevaba unida alanina. Cuando se empleo este ARN-t híbrido para
sintetizar proteínas se pudo comprobar que en el lugar en el que debía aparecer
cisteina en la secuencia del polipéptido aparecía alanina. Por tanto, el que
llevaba a cabo el reconocimiento del codón del ARN-m era el anticodón del ARN-t
y no el aminoácido.
El
reconocimiento entre los tripletes del mensajero y los anticodones de los ARN-t
cargados con su correspondiente aminoácido, así como el establecimiento de los
enlaces peptídicos entre dos aminoácidos sucesivos tiene lugar en los
ribosomas.
Subunidades de los ribosomas procarióticos y
eucarióticos
|
Los
ribosomas son unas estructuras o partículas citoplásmicas formadas por
ribonucleoproteínas (unión de ARN ribosómicos con proteínas ribosomales). Los
ribosomas en las células eucarióticas se encuentran en la membrana del retículo
endoplasmático. La estructura general de los ribosomas procarióticos y
eucarióticos consta de una subunidad pequeña, una subunidad grande y dos sedes,
la sede aminoacídica (Sede A) lugar de entrada de los ARN-t cargados con un
aminoácido (aminoacil-ARN-t) y la sede peptídica (Sede P) lugar en el que se
encuentran los ARN-t cargados con un péptido (peptidil-ARN-t). Las constantes
de sedimentación de cada subunidad, los tipos de ARN ribosómico (ARN-r) y las
proteínas ribosomales que forman parte de ambas subunidades en los ribosomas
eucarióticos y procarióticos se indican en la siguiente tabla:
Ribosomas
|
Subunidades
|
ARN-r
|
Proteínas
ribosomales
|
Procarióticos:
70S
66%
ARN, 34% proteínas
|
Grande: 50S
|
23S: 2.904 bases
|
31 diferentes (L1-L31)
|
5S: 120 bases
|
|||
Pequeña: 30S
|
16S: 1541 bases
|
21 diferentes (S1-S21)
|
|
Eucarióticos:
80S
60%
ARN, 40% proteínas
|
Grande: 60S
|
28S: 4718 bases
|
49 diferentes (L1-L49)
|
5,8S: 160 bases
|
|||
5S: 120 bases
|
|||
Pequeña: 40S
|
18S: 1874 bases
|
33 diferentes (S1-S33)
|
Los
genes (ADN-r) que codifican para los ARN-r 28S, 5,8S y 18S que forman parte de
la subunidades grande y pequeña de los ribosomas eucarióticos se localizan en
regiones concretas de los cromosomas, estas regiones reciben el nombre de
Regiones organizadoras nucleolares (NOR). Además, en cada NOR hay centenares de
copias repetidas en tandem de estos genes. Como se ha indicado en el capítulo
de transcripción estos genes sufren un procesamiento, de manera que la copia
recién transcrita o molécula precursora de los ARN-r tiene un tamaño mayor
(constante de sedimentación 45S en mamíferos). Los genes que llevan la
información para el ARN 5S se encuentran en otras regiones cromosómicas
diferentes, no están en los NOR.
La
activación de los aminoácidos para formar los complejos de transferencia es el
paso previo necesario para que pueda comenzar la traducción, y consiste en la
unión de cada aminoácido a su ARN-t específico mediante la intervención de un
enzima, la aminoacil-ARN-t sintetasa y el aporte de energía del ATP.
aa1 + ARN-t1 + ATP → ARN-t1-aa1 +
AMP + PPi
La
unión del aminoácido al ARN-t tiene lugar por el extremo 3' del ARN-t. Todos
los ARN-t en su extremo 3' contienen la secuencia 3' ACC 5'. Las
aminoacil-ARN-t-sintetasas tienen tres sedes distintas, una para el
reconocimiento del aminoácido, otra para el ARN-t y otra para el ATP.
Debe existir al menos una aminoacil-ARN-t-sintetasa diferente por cada ARN-t
distinto. El ARN-t se une a la aminoacil-ARN-t-sintetasa a través del
lazo dihirouracilo (DHU).
Por
último, la especificidad de reconocimiento de las aminoacil-ARN-t-sintetasas y
el correspondiente aminoácido no reside en el anticodón del ARN-t. Esta
especificidad es lo que se ha llamado el Segundo Código Genético.
Esta especificidad reside en el par de bases G y U que ocupan las posiciones 3
y 70, respectivamente del ARN-t. La ausencia de este par impide que se una la
alanina a su ARN-t y la introducción de dicho par en la misma posición en los
ARN-t-cys y ARN-t-phe les confiere la capacidad de unirse al aminoácido
alanina.
Una
vez activados los aminoácidos y formados los complejos de transferencia (ARN-t
cargados con el aminoácido correspondiente) ya puede comenzar la síntesis de la
cadena polipeptídica y la incorporación de los aminoácidos. En este proceso se
pueden distinguir tres fases diferentes:
En
la iniciación de la cadena polipeptídica intervienen el primer ARN-t, o ARN-t
iniciador de la traducción que habitualmente es el
ARN-t-Formilmetionina, las subunidades ribosomales, el ARN-m, enzimas, los
factores de iniciación IF1, IF2 e IF3 y una fuente de energía como GTP. Las
subunidades ribosomales están separadas cuando no están ocupadas en la síntesis
de polipéptidos. Para poder iniciar la traducción es necesario que ambas subunidades
se ensamblen. Se distingen tres fases en el proceso de iniciación:
- Fase 1:
Unión del mensajero (ARN-m) a la subunidad pequeña 30S de los ribosomas
estimulada por la acción del factor IF3.
- Fase 2:
El ARN-t-iniciador (ARN-t-Formilmetionina) se une al factor IF2 y a GTP y
se situa en la Sede P.
- Fase 3: Unión de las dos subunidades ribosomales 30S y 50S mediante la hidrólisis del GTP unido a IF2 catalizada por una proteína ribosomal. Una vez unidas ambas subunidades se sueltan o disocian los factores IF2 e IF3. La función de IF1 no se conoce con exactitud aunque se cree que interviene en el proceso del reciclado de los ribosomas.
lugar
del mensajero (ARN-m) al que se debe unir el ribosoma para comenzar la
traducción, o la selección de los codones de iniciación correctos del ARN-m en
bacterias, parece llevarse a cabo gracias a la existencia de unas secuencias
cortas que preceden a los codones de iniciación y que son complementarias de
secuencias del extremo 3' del ARN-r 16S de la subunidad pequeña (30S) de los
ribosomas. Dichas secuencias fueron detectadas por Shine y Dalgarno (1974) y se
las ha denominado secuencias Shine-Dalgarno. En eucariontes no se han
detectado estas secuencias en el ARN-r 18S y la traducción comienza siempre por
el triplete AUG más cercano al extremo 5' del ARN-m. Se ha propuesto que el
ribosoma se une al ARN-m por su extremo 5' con el tapón o cap y se movería hacia
el extremo 3' hasta encontrar el primer AUG.
Una
vez formado el complejo de iniciación se puede comenzar la elongación del
polipéptido. La elongación o crecimiento de la cadena polipeptídica tiene lugar
en esencia mediante la formación de enlaces péptídicos entre los aminoácidos
sucesivos. Intervienen en este proceso, el peptidil-ARN-t, los aminoacil-ARN-t,
ribosomas, ARN-m, enzimas, factores proteicos de elongación EF-Tu, EF-Ts y EF-G
y fuentes de energía como GTP. Se pueden distinguir cuatro fases esenciales en
el proceso de elongación:
- Fase 1:
El aminoacil-ARN-t correspondiente al siguiente triplete del ARN-m entra
en la sede A dl ribosoma gracias a la intervención del factor EF-Tu. Para
ello EF-Tu se une primero a GTP activándose y después el complejo activado
(EF-Tu-GTP) se une al aminoacil- ARN-t. Después la hidrólisis de GTP a GDP
favorece la entrada del aminoacil-ARN-t en la sede A y el complejo
EF-Tu-GDP se libera.
- Fase 2:
La liberación del ribosoma del complejo EF-Tu-GDP esta mediada por la
intervención del factor de elongación EF-Ts. Este factor, EF-Ts, también
interviene en la regeneración y activación del factor EF-Tu.
- Fase 3:
La transferencia de la cadena peptídica del peptidil-ARN-t que está en la
Sede P al aminoacil-ARN-t nuevo que ha entrado en la sede A. Esta reacción
está catalizada por un enzima que es la peptidil-transferassa. Después el
ribosoma avanza un codón sobre el ARN-m en la dirección 5'→3' (se
transloca). Este paso se realiza gracias a la intervención del factor EF-G
activado por la hidrólisis de GTP. En esta fase se libera el ARN-t
descargado que estaba en la sede P y al moverse el ribosoma el
péptidil-ARN-t recién formado que estaba en la sede A pasa a ocupar la
sede P.
Estas
tres fases del proceso de elongación se repiten tantas veces como aminoácidos
posea el polipétido sintetizado menos uno (excepto el primero, metionina).
La
terminación de la cadena polipeptídica en bacterias tiene lugar cuando los
ribosomas en su avance a lo largo del ARN-m se encuentran con cualquiera de los
siguientes tripletes de terminación o codones de fin: UAA, UAG y UGA. Además,
durante la terminación intervienen los factores proteicos de terminación RF1,
RF2 y RF3. No hay ningún ARN-t que reconozca a los tripletes de terminación,
son los factores de terminación o liberación los que se encargan de reconocer
los codones de STOP. El factor RF1 reconooce los codone UAA y UAG y el factor
RF2 identifica a los codones UAA y UGA
Los
polipéptidos una vez sintetizados pueden ser procesados. Existen
diferentes tipos de procesamiento posterior a la síntesis de los polipéptidos,
uno de los más frecuentes es el que tiene lugar por el extremo amino
(N-terminal). Muchas proteínas de membrana y proteínas secretadas por la célula
contienen cuando se sintetizan una corta secuencia de aminoácidos (de 15 a 25)
en el extremo N-terminal o péptido líder, denominada también péptido señal. La
mayoría de los aminoácidos del péptido señal son hidrofóbicos y son reconocidos
por factores y receptores proteicos que intervienen en el transporte del
polipéptido a través de la membrana celular. Durante este proceso una peptidasa
produce un corte que libera el péptido señal.
Proteínas secretadas por la célula: eliminación del péptido
señal
|
En
bacterias y en eucariontes se ha observado la eliminación de segmentos internos
de los polipéptidos durante el procesamiento. Estos segmentos eliminados se
denominan secuencias proteicas interpuestas (IVPS, del inglés
Intervening Protein Sequence). Durante el procesamiento se produce un
enlace peptídico entre las secuencias que flanquean la IVPS y su eliminación es
autocatalítica, se realiza "in vitro". Todas las regiones IVPS
estudiadas muestran actividad endonuclesas, aunque esta actividad no esta relacionada
con la de corte y unión de las IVPS.